Stanica Filiálka sa nachádza na trati, ktorá bola od roku 1840 súčasťou konskej železnice. Budova bola vybudovaná až okolo roku 1909 na vtedajšom okraji mesta ako siedma bratislavská stanica. Vznikla na mieste, kde bolo pôvodne len niekoľko nákladných koľají. Dnes ju tvorí areál s koľajiskami a s pôvodnou budovou stanice. Areál koľajiska začína pri stanici konskej železnice a siaha až po OD Slimák. Časť pôvodného koľajiska bola zrušená výstavbou železničnej polikliniky v roku 1984, čím sa z priebežnej stanice stala stanica hlavová (koncová). V roku 1985 bola elektrifikovaná trať po stanicu Predmestie, k elektrifikácii až po stanicu Filiálka však nedošlo, a tak stratila svoje opodstatnenie. Plány obnoviť na Filiálke železničnú stanicu sa periodicky vracajú – stále je tu v hre vybudovanie hlavovej stanice pre prímestskú dopravu...
